طالب أعضاء بمجلس الشورى خلال مناقشة المجلس لمشروع نظام المرافعات أمام ديوان المظالم بدمج الأنظمة القضائية الثلاثة وهي ( مشروع نظام المرافعات الشرعية ، ومشروع نظام الإجراءات الجزائية ، ومشروع نظام المرافعات أمام ديوان المظالم ) وجعلها في نظام واحد وذلك تفاديا للازدواجية وتكرار بعض المواد في الأنظمة ، كما طالبوا بمراجعة المدد الزمنية المذكورة في نظام المرافعات أمام ديوان المظالم وتقليل تلك المدد وتحديد وقت ملزم سواء لديوان المظالم أو الشركات والجهات التي تترافع لديه. ودعوا الى إفراد باب خاص بالتعريفات والمصطلحات للتسهيل على من يريد الترافع أمام ديوان المظالم .
وفي الوقت الذي طلب فيه رئيس لجنة الشؤون الإسلامية والقضائية وحقوق الإنسان فرصة للرد على تساؤلات الأعضاء واستفساراتهم ، طلب رئيس المجلس الدكتور عبدالله آل الشيخ من رئيس اللجنة بضرورة منح الفرصة لمستشارين من خارج المجلس ومن لديهم الخبرة من اعضاء المجلس تنسيق الأنظمة الثلاثة وعدم الاكتفاء برأي اللجنة فقط .
وكان عضو المجلس الدكتور الأمير خالد المشاري قد ابتدر المداخلات حول النظام بالمطالبة بدمج الأنظمة الثلاثة وجعلها في نظام واحد وذلك تفاديا للازدواجية وتكرار بعض المواد في الأنظمة . فيما رأى عضو المجلس الدكتور مشعل ال علي ان يتدخل مفتي عام المملكة في وضع مواد النظام وتفسير بعضها وإصدار فتاوى حولها قبل النظر من القضاة فيها , وعبر عن رأيه في ان مواد احكام الاوقاف يجب النظر فيها من قبل هيئة كبار العلماء قبل عرضها على القضاة . وأبدى عضو المجلس المهندس محمد القويحص رأيه في ان النظام يخلو من أي مادة تعريفية بمصطلحاته ، كما أن عبارة "والأنظمة التي لا تتعارض مع الشريعة الإسلامية" توحي أن هناك أنظمة غير مشتقة من الشريعة الإسلامية،أو صادرة بعيداً عن الشريعة الإسلامية، مشددا على ان ليس هناك نظام في المملكة لا يراعي الشريعة الإسلامية في صدوره .
وطالب عضو المجلس الدكتور سعد مارق خلال مناقشة الباب الثاني من النظام والخاص بـ "رفع الدعوى وقيدها"، لجنة الشؤون الإسلامية والقضائية وحقوق الإنسان بمراجعة المدد المذكورة في النظام مثل 60 يوما و90 يوما ، وقال :نحن بحاجة إلى تقليل تلك المدد وتحديد وقت ملزم سواء لديوان المظالم أو الشركات والجهات التي تترافع لديه. وقال الدكتور راشد الكثيري: كنا نتوقع من اللجنة أن تعود إلى المجلس بطرح إيضاحاتها في هذا النظام وليس الاكتفاء بمشروع الحكومة والموافقة عليه أو الأخذ برأي مندوبي الجهات الحكومية بهذا الخصوص. ودعا الدكتور سعود السبيعي الى افراد باب خاص بالتعريفات لتسهيل الأمر على من يريد الترافع أمام ديوان المظالم، ورأى الدكتور عبدالله نصيف أن تضاف كلمة تمثل شرعي على عبارة (أو من يمثله ) لتصبح (أو من يمثله تمثيلا شرعيا) في المادة الخامسة من الباب الثاني .
فيما قال الدكتور علي الغامدي : إن المادة السادسة تنص على "وتثبت الإدارة بحضور من أحضر صحيفة الدعوى وتحيل الدعوى للدوائر"، وان كلمة دوائر والتي تعني الدوائر الشرعية في ديوان المظالم يجب إيضاحها في النظام،كما طالب بوضع باب للتعريفات في مقدمة النظام.
وأكد حمد القاضي أن المادة الثالثة عشرة تؤثر على منهج الرفق في التعامل حيث أنها تنصّ على انه “ من حق رئيس الجلسة أن يخرج من يخلّ بنظام الجلسة ومن حقه أن يحبسه أو أن يغرمه بمبلغ مادي لا يتجاوز 1000ريال أو بكليهما معاً “ وقال : ولابد في مثل هذا النوع من الأنظمة التدرج في العقوبة