يهدف كرسي الأمير نايف للقيم الأخلاقية في جامعة الملك عبدالعزيز إلى تعزيز دور المجتمع السعودي بقيمه وتفاعله مع العالم بأخلاقيات أصيلة وتقنيات حديثة، من خلال التعريف بالقيم الأخلاقية الإسلامية للعالم عن طريق الندوات والمؤتمرات والمشاركات المتنوعة ومن خلال رصد أسباب ومظاهر انحسار القيم الإيجابية وانتشار القيم والمفاهيم السلبية، كما يهدف الكرسي إلى وضع خطط ومشاريع وبرامج تعريفية لأهمية القيم الأخلاقية بالإضافة إلى وضع المعايير والمؤشرات التي تحكم تطبيق القيم في المجتمعات مرتكزة على الشريعة الإسلامية، كما يسعى الكرسي للوصول إلى الدليل القيمي المشتمل على الضوابط والمعايير العلمية التي يمكن العمل بها والتواصل من خلالها مع الثقافات الإنسانية الأخرى، وإعداد منهج تعليمي يعنى بالقيم الأخلاقية، ونتيجة لما للجامعة من خبرات واسعة في عمل الأبحاث النافعة والتي من خلالها نشأت فكرة استثمار الجامعة لفكرة ترسيخ البحث العلمي من خلال إنشاء العديد من الكراسي العلمية، لا سيما أن هناك العديد من الكوادر العلمية والبحثية المؤهلة ذات الخبرات الواسعة.